لقد اتسمت فترة حكم حماس في المناطق الفلسطينية المحتلة بالكثير من الاضطرابات. وقد وصلت هذه الاضطرابات إلى حد الاشتباكات المسلحة في قطاع غزة بين مناصري حركتي حماس وفتح. وتمت تهدئة هذه الاضطرابات من خلال مفاوضات رعتها المملكة العربيةالسعودية والتي أسفرت عن ما يعرف باتفاق مكة. وكنتيجة لذلك قامت حركة حماس بإعلان أول حكومة وحدة وطنية فلسطينية ضمت في صفوفها ممثلين عن العديد من الأحزاب. لكن الاضطرابات ما لبثت أن تجددت في قطاع غزة وأخذت وتيرتها بالتسارع إلى أن قام أفراد حركة حماس بالاستيلاء على كافة مقرات الأجهزة الأمنية في القطاع. اعتبر
محمود عباس ما قامت به حماس انقلاباً مسلحاً وقام بإعلان حالة الطوارئ في المناطق الفلسطينية وأوكل لسلام فياض مهمة تشكيل حكومة طوارئ باشرت أعمالها في اليوم التالي. في هذه الأثناء ادعت حماس أنها تمثل الحكومة الشرعية الوحيدة نظراً لفوزها في الانتخابات التشريعية الأخيرة واستمرت هذه الحكومة بالقيام بأعمالها في قطاع غزة، الذي بسطت سيطرتها عليه بشكل كامل، ما أسفر عن اتهامات متبادلة بين الطرفين بـ"الإنقلاب على الشرعية". نظراً للمتطلبات الدستورية التي توجب انعقاد
المجلس التشريعي الفلسطيني في غضون شهر من إعلان حالة الطوارئ، قام عباس بدعوة المجلس للانعقاد عدة مرات، الأمر الذي لم يحدث حيث أن نصابه لم يكتمل لعدم تلبية حركة حماس لهذه الدعوة. واستمرت حكومة
سلام فياض في الحكم بصفتها "حكومة تسيير أعمال". في هذه الأثناء تغيرت توجهات المجتمع الدولي اتجاه الحكومة الفلسطينية الجديدة لعدم احتوائها على أعضاء من حركة حماس، وقامت الدول المانحة بدعم هذه الحكومة لتخفيض العجز الناجم عن قطع المساعدات طوال العام السابق. وقد سارعت الولايات المتحدة الأميركية إلى الدعوة لمؤتمر سلام عرف في حينه
بمؤتمر الخريف، حيث عقد في مدينة
أنابوليس الأميركية في 26 تشرين الثاني 2007. وعلى ضوء التوجهات الإيجابية نحو إعادة محادثات السلام، التزمت الدول المانحة بتقديم أكثر من 7.5 مليار دولار للسلطة الوطنية الفلسطينية خلال السنوات الثلاث التالية ضمن ما يعرف باسم خطة الإصلاح والتنمية متوسطة المدى.